A partir do ano de 2006 o Museu da Luz passou a ser depositário do espólio arqueológico da freguesia da Luz recolhido por ocasião das escavações arqueológicas empreendidas entre os anos de 1998 e 2003 no quadro do Plano de Minimização de Impactes Patrimoniais de Alqueva.

Este espólio é representativo da longa diacronia da ocupação deste território ribeirinho, incluindo importantes sítios desde a pré-história até à época moderna. Salienta-se o importante conjunto artefactual proveniente do emblemático Castelo da Lousa, monumento de época romana classificado como Monumento Nacional.

Destaque-se também o espólio resultante dos trabalhos de levantamento artístico, arquitectónico e arqueológico efectuado na Igreja de Nª Srª da Luz. Esta igreja foi integralmente demolida antes da submersão e foi construída uma outra igreja à sua imagem, com idêntico desenho e integrando os elementos arquitectónicos da original. Localiza-se no largo do Museu.

O ineditismo deste espólio tem que ver, sobretudo, com o facto de ser o único registo material dos sítios irremediavelmente perdidos após a submersão.