A ideia da fundação de um Museu, centrado nas memórias e identidades do passado e do futuro do território da Luz no contexto de Alqueva, tem origem na década de 1980, no quadro da definição de medidas compensatórias dos impactes decorrentes da implementação do projecto. Desde então, a construção do Museu esteve sempre prevista nos respectivos planos de construção da nova aldeia.

O programa museológico fundador foi da responsabilidade do etnólogo Benjamim Pereira, no âmbito de um trabalho sistemático e pluridisciplinar, abarcando as diversas componentes da História, Paisagismo, Antropologia, Arquitectura e Antropologia Visual. Este trabalho foi desenvolvido entre os anos de 1999 e 2003.

O Museu da Luz abriu ao público no ano de 2003, mantendo actividade regular desde então. É tutelado pela EDIA, S.A. e procura dar resposta de forma integrada às funções museológicas previstas na respectiva Lei-Quadro de Museus Portugueses. No ano de 2005 o Museu recebeu uma menção honrosa da APOM (Associação Portuguesa de Museologia), na categoria de ‘Melhor Museu do País’.

Em Maio de 2010 passou a integrar a Rede Portuguesa de Museus (RPM), entidade tutelada pelo Ministério da Cultura que se dedica à credenciação e qualificação na área museológica.